“中心”为独立的教学单位，实行校、院两级管理的“中心”主任负责制。“中心”主任由具有丰富理论和实验教学管理经验、热爱实验教学管理工作的专家教授担任，配备2-3名副主任（高级职称专家）、3名秘书，负责“中心”的实验教学、科研和日常管理工作。
“中心”以“实验教学指导委员会”、“教学组织体系”（由各教学实验室组成）和管理与保障体系（由办公室、供应室和仪器室等组成）进行内部管理。各实验室具体负责实验教学任务的安排、落实，实验课教学实行课程组负责人和实验项目主讲教师负责制，管理与保障部门负责实验教学计划的审定、教学仪器设备与实验材料的供应等。
